Les Teams Aqua et Magma

Pourquoi se contenter d'une seule Team lorsque l'on peut en avoir deux ? Car c'est tout nouveau : deux équipes s'affrontent dans les versions Rubis et Saphir. L'une se bat pour la domination du monde, l'autre tente de contrecarrer les plans de la première. Ainsi, selon la version que vous possédez, votre véritable ennemi sera soit la Team Aqua, soit la Team Magma.

La Team Magma tente d'étendre les terres. Son chef Max est persuadé du bien fondé de sa démarche et essaie à tout prix de faire partager sa  vision du monde selon laquelle la domination des continents sur les mers serait des plus bénéfiques pour les hommes. Aussi ses sbires veulent-ils mettre à profit les pouvoirs du Pokémon mythique Groudon, le créateur de la Terre.

La Team  Aqua est elle aussi persuadée de la justesse de ses actions mais  veut parvenir à ses fins en mobilisant les pouvoirs de l'eau et ceux de Kyogre, le gardien des Mers.

Vous n'avez adopté aucune position précise dans le jeu et vous contentez de déjouer chacune des interventions de l'une des Teams. Ainsi, en poursuivant votre quête des badges, vous serez amené à rencontrer plusieurs fois la Team de  votre vesrion jusqu'à la confrontation ultime avec le Pokémon mythique.