La version Emeraude
1)
Modification scénaristique :L'histoire n'a pas beaucoup évolué entre les versions Rubis/Saphir et Émeraude. Comme précédemment, vous devrez affronter deux Team Rivales dont les desseins impliquent le contrôle des Pokémon légendaires de la région de Hoenn. Mais vous aller devoir vous armer de patience : cette fois-ci, les deux équipes auront l'intention de vous éliminer et ce sont des hordes de Pokémon que vous combattrez. Ce scénario aboutira à un affrontement final entre Kyogre et Groudon... L'intervention de Rayquaza parviendra-t-elle a rétablir l'équilibre naturel entre les terres et les mers ?
2) Battle Frontier :
Vous vous retrouvez au cours du jeu confronté à un drôle de bonhomme nommé Scott. C'est par le biais de celui-ci que vous prendrez connaissance de l'existence du Batlte Frontier (voir la rubrique "Zones de Combat").